1985年，《中共中央關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》提出“調(diào)整科學(xué)技術(shù)系統(tǒng)的組織結(jié)構(gòu)”，1996年國(guó)務(wù)院《關(guān)于“九五”期間深化科技體制改革的決定》進(jìn)一步強(qiáng)調(diào)“科技體制改革以獨(dú)立科研機(jī)構(gòu)特別是中央部門所屬科研機(jī)構(gòu)為重點(diǎn)”。經(jīng)過(guò)十多年的科技體制改革，研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)的組織結(jié)構(gòu)和運(yùn)行機(jī)制已發(fā)生重大變化，有的機(jī)構(gòu)已經(jīng)成為科技型企業(yè)，部分機(jī)構(gòu)已成為研究、開發(fā)、工程設(shè)計(jì)和生產(chǎn)銷售一體化的單位。在多年改革的基礎(chǔ)上，1999年2月國(guó)務(wù)院決定對(duì)國(guó)家經(jīng)貿(mào)委管理的10個(gè)國(guó)家局所屬的242個(gè)研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)實(shí)行轉(zhuǎn)制。
　　 率先進(jìn)行轉(zhuǎn)制的242個(gè)機(jī)構(gòu)中，131個(gè)進(jìn)入企業(yè)（集團(tuán)），40個(gè)轉(zhuǎn)為科技型企業(yè)，18個(gè)保留事業(yè)單位性質(zhì)轉(zhuǎn)為中介機(jī)構(gòu)，24個(gè)并入學(xué)校劃轉(zhuǎn)其他部門或撤并，29個(gè)轉(zhuǎn)為中央直屬的大型科技企業(yè)。
　　在242個(gè)轉(zhuǎn)制機(jī)構(gòu)的示范和推動(dòng)下，以企業(yè)化轉(zhuǎn)制為重點(diǎn)、組織結(jié)構(gòu)調(diào)整為核心、推進(jìn)國(guó)家創(chuàng)新體系建設(shè)為目標(biāo)的研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)的轉(zhuǎn)制改革在全國(guó)范圍內(nèi)展開，取得了明顯進(jìn)展。繼1999年242個(gè)機(jī)構(gòu)轉(zhuǎn)制以后，2000年10月，建設(shè)部等11個(gè)國(guó)務(wù)院部門屬134個(gè)技術(shù)開發(fā)類機(jī)構(gòu)開始實(shí)施轉(zhuǎn)制，公益類研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)的分類改革于2000年啟動(dòng)， 2004年底前按照改革方案全部實(shí)施到位。地方開發(fā)類研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)轉(zhuǎn)制大都已形成方案，地方公益類研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)的改革也在積極推進(jìn)。
　　 截至2001年底，共有1232個(gè)研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)已經(jīng)轉(zhuǎn)制和正在進(jìn)行轉(zhuǎn)制，其中923個(gè)轉(zhuǎn)制到位。已轉(zhuǎn)制到位的機(jī)構(gòu)共有從業(yè)人員19.3萬(wàn)人，科技活動(dòng)人員10.3萬(wàn)人,科技經(jīng)費(fèi)籌集額148.1億元，科技經(jīng)費(fèi)支出138.6億元，這些人員和經(jīng)費(fèi)資源量占當(dāng)年全國(guó)研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)與轉(zhuǎn)制機(jī)構(gòu)資源總量的20%左右。研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)的轉(zhuǎn)制，使我國(guó)以政府部門屬研究與開發(fā)機(jī)構(gòu)為主體的原有科技系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)發(fā)生了明顯的變化。